Разрешение на возведение костела в Севастополе католическая община получила в 1898 году, тогда же приступив к сбору средств. Пожертвованы были лишь несколько тысяч рублей (при необходимых 30-40 тысячах), председателем комитета по постройке стал капеллан войск одесского военного округа Ф. Козловский, а автором проекта – военный инженер Н. Третесский.

Утвердили проект и начали строительство костела в 1905 году, а в 1911 завершили все работы по сооружению неоготического храма из инкерманского камня. Внутри костел св. Климентия представлял собой трехнефный зал с балконом и цокольным этажом.

В 1936 году костел св. Климентия закрыли, а здание было передано культпросвету, но, в действительности, практически не использовалось. Период Великой Отечественной войны здание пережило, но было частично разрушено в результате бомбардировок.