Церковь Иоанна Богослова, относящаяся к строениям Генуэзской крепости (Карантин) в Феодосии, по существующим данным была сооружена в ХIV-ХV веках. Храм является армянским культовым строением и создан в духе аналогичных церквей на территории Армении и Крыма. Церковь Иоанна Богослова не отличается значительным количеством декоративных элементов – они сохранились лишь над дверью внутреннего дворика (орнамент, кресты). Благодаря своеобразной архитектуре, храм Иоанна Богослова обладает очень хорошей акустикой.

К церкви Иоанна Богослова примыкают остатки еще более древнего храма, а также небольшой внутренний дворик, в котором располагаются полуразрушенные колонны.

В ходе своей истории, храм носил имя Св. Иоанна Евангелиста, а в настоящее время закрыт для свободного посещения.