Свято- Николаевский собор в Евпатории заложили 11 июля 1893 года (по старому стилю), в память об освобождении Крыма от англо-франко-турецких войск во время Крымской войны 1854-1856 годов. Строительство храма велось в течение пяти с половиной лет по проекту архитектора Бернардацци и инженера Геринека. Освящение Свято- Николаевского собора епископом Вольским, преосвященным Никоном произошло 16 февраля 1899 года.

Построенный в византийском стиле собор, ранее украшали византийские кресты на колоннах и куполах, но в после реставрации сохранилось только оформление колонн, а купола теперь венчают современные кресты. Внутри храм расписывался несколько раз, но до наших дней дошла только поздняя роспись 70-80 годов XX века. Известно, что ранее Свято- Николаевский собор украшал величественный иконостас, созданный флорентийским резчиком Ваннуки.

Во время своего визита в Евпаторию в 1916 году, в Свято- Николаевском соборе побывал император России Николай II с семьей.